蛋白質通常是多種蛋白質的化合物，通過超微量分光光度計的比色法測定基礎是蛋白質構成成分：氨基酸（如酪氨酸、絲氨酸）與外加的顯色基團或者染料反應，產生有色物質。有色物質的濃度與蛋白質反應的氨基酸數目直接相關，從而反應蛋白質濃度。
比色法一般有bca，bradford，lowry幾種：
★lowry法
以早期的biuret反應為基礎，并有所改進。蛋白質與cu2反應，產生藍色的反應物。但是與biuret相比，lowry法敏感性更高。缺點是需要順序加入幾種不同的反應試劑；反應需要的時間較長；容易受到非蛋白物質的影響；含edta，tritonx-100，ammoniasulfate等物質的蛋白不適合此種方法。
★bca法
一種較新的、更敏感的蛋白測試法。要分析的蛋白在堿性溶液里與cu2反應產生cu，后者與bca形成螯合物，形成紫色化合物，吸收峰在562nm波長。此化合物與蛋白濃度的線性關系強，反應后形成的化合物非常穩定。相對于lowry法，操作簡單，敏感度高。但與lowry法相似的是容易受到蛋白質之間以及去污劑的干擾。
★bradford法
這種方法的原理是蛋白質與考馬斯亮蘭結合反應，產生的有色化合物吸收峰595nm。其特點是敏感度好，是lowry和bca兩種測試方法的2倍；操作更簡單，速度更快；只需要一種反應試劑；化合物可以穩定1小時，方便結果；而且與一系列干擾lowry，bca反應的還原劑（如dtt，巰基乙醇）相容。但是對于去污劑依然是敏感的。主要缺點是不同的標準品會導致同一樣品的結果差異較大，無可比性。
以上幾種方法到底該相信哪種？
由于各種方法反應的基團以及顯色基團不一，所以同時使用幾種方法對同一樣品得出的樣品濃度無可比性。即使測定同一樣品，同一種比色法選擇的標準樣品不一致，測試后的濃度也不一致。因此在選擇比色法之前，是參照要測試的樣本的化學構成，尋找化學構成類似的標準蛋白作標準品。另外，比色法定量蛋白質，經常出現的問題是樣品的吸光值太低，導致測出的樣品濃度與實際的濃度差距較大。關鍵問題是，反應后超微量分光光度計的重要配件-比色杯的顏色有一定的半衰期，所以每種比色法都列出了反應測試時間，所有的樣品（包括標準樣品），都必須在此時間內測試。時間過長，得到的吸光值變小，換算的濃度值降低。除此，反應溫度、溶液ph值等都是影響實驗的重要原因。此外，非常重要的是，用塑料的比色法。避免使用石英或者玻璃材質的比色杯，因為反應后的顏色會讓石英或者玻璃著色，導致樣品吸光值不準確。
實驗室確定細菌生長密度和生長期，多根據經驗和目測推斷細菌的生長密度。在遇到要求較高的實驗，需要采用超微量分光光度計準確測定細菌細胞密度。od600是追蹤液體培養物中微生物生長的標準方法。以未加菌液的培養液作為空白液，之后定量培養后的含菌培養液。為了保證正確操作，必須針對每種微生物和每臺儀器用顯微鏡進行細胞計數，做出校正曲線。實驗中偶爾會出現菌液的od值出現負值，原因是采用了顯色的培養基，即細菌培養一段時間后，與培養基反應，發生變色反應。另外，需注意的是，測試的樣品不能離心，保持細菌懸浮狀態。
